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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。

生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受農喜歡。可是，在近年來生物有機肥出產經銷和實踐使用中，卻呈現了一系列亟待解決的問題，詳細如下：

生物有機肥巧鑒別 一看包裝，是否規范。包括產品登記證、產品技術指標、產品有效期； 二看物料，是否均勻。產品含水量太高或太低均不利于菌種存活，判斷方法：抓一把肥料在陽光下觀察，陰潮呈團、干燥呈灰都非正常產品。 三看效果，是否。試驗方法：加少量水將生物有機肥調成團狀，放在冰箱里凍成冰塊，第二天拿出來融化，反復三次，肥料中的菌種將會凍死或大幅度減少；這是用它和將原產品進行比較試驗、在相同的田塊里觀察差異，差異明顯是好肥料，差異不明顯，表明該產品有問題，建議放棄使用。

在對微生物肥料的知道方面，近幾年形成了較大誤區，農人沒有真實知道生物有機肥，也就不能合理使用生物有機肥，然后降低了微生物肥料的名譽。

有機肥真假鑒別
1.泡水法
　　取一水杯，把有機肥樣品泡在水里，然后用手把泡在水里的有機肥碾碎，攪一下能直觀的看出有機肥的原料；再放置一段時間，如果有機肥與水短時間內分層的話說明有機肥比重大，含土較多。
　　2.聞味法
　　仔細聞一下肥的味道看是否有氨味，糞便味，淤泥味，好的有機肥應該是一種腐熟的味道。
　　3.手捻法
　　取有機肥用大拇指和食指來回碾壓，如果有硌手的感覺，則里面有沙粒或其他雜質。
　　4.菌種測試法
　　取一水杯把有機肥放在里面，撒少許水（注意不要泡水，潮濕就行），放在溫暖適宜的地方，好的有機肥會抱團長出白色菌絲，掰開有機肥顆粒會看到里面也有白色菌絲。
　　5.盆栽測試法
　　取一盆花，抓把有機肥直接撒在花的根莖部，澆上水，好的有機肥會逐漸長出白色菌絲，促進植株生長，質量不合格的有機肥會熏苗，植株逐漸萎靡，直至。
　　6.對比試驗法
　　選擇好有機肥后在種植作物時，留出一部分不施用該有機肥，觀察植株的表現，好的有機肥在長勢、產量、品質上都會有明顯的效果。 [5]

主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分廣義
俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。
另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。
主要是以供應有機物質為手段，借此來改善土壤理化性能，促進植物生長及土壤生態系統的循環。