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2．制造和協助農作物吸收營養根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長，和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。
3．增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4．減少化肥的使用量和提高作物品質使用微生物肥料后對于提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質的改善比產量提高好處更大。
生物肥料的分類
按目前微生物肥料的制品和種類來分析，可以分為兩類：
（1）通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養的供應量，包括土壤和生產環境中植物營養元素的供應總量和植物營養元素的有效供應量，導致植物營養狀況的改善，進而產量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。
（2）其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動的關鍵作用導致作物增產，但是其中微生物生 命活動的關鍵作用不限于提高植物的元素營養供應水平，包括了它們所產生的植物生長素對植物的作用，促進植物對營養元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導致產量增加。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復雜。但隨著研究的深入發展，此類微生物及其制品將會有比較合理、比較科學的歸屬、分類。
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