生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受喜歡。

目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環境，盡量保存在陰涼干燥處。此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發生不良反應。

生物菌肥是一種由生物菌種（如細菌、真菌等）經過發酵或培養后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，這些微生物能夠分解有機物質，提供植物所需的營養元素，并促進植物生長。 生物菌肥具有以下特點：
1. 提供多種養分：生物菌肥中含有豐富的有機質和微量元素，這些養分對植物生長發育至關重要。
2. 促進土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能夠分解有機物質，釋放出更多的養分，并促進土壤中其他微生物的繁殖和活動，改善土壤質地和結構。
3. 增強植物力：生物菌肥中的益生菌能夠與植物形成共生關系，提高植物的抗病能力，減少病蟲害的發生。
4. 環境友好：生物菌肥不含化學合成的肥料成分，對環境污染較小，使用后不會對土壤和水體造成負面影響。

生物菌肥的應用范圍廣泛，可以用于農田、果園、花卉、蔬菜等各類植物的生產中。它能夠改善土壤質量，提高作物產量和品質，降低化肥使用量，減少農業對環境的負面影響。同時，生物菌肥還可以用于土壤修復和廢棄物處理等領域，具有很高的應用前景和市場潛力。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能