微生物指標在國標中規定了菌落總數、大腸菌群、致病菌和霉菌、酵母菌4項。從近幾年對純凈水檢測的情況看，微生物指標是比較容易超標的指標之一。這是由于微生物污染體現在純凈水在生產加工、運輸和銷售過程等各個環節上。在生產加工中，工人不注意個人衛生，回收瓶的清洗、消毒不嚴格，甚至一些廠家為降低成本，回收瓶蓋再次使用，由于回收瓶蓋的變形，造成瓶口不密封都有可能引起微生物污染。微生物的超標反映出水的污染程度。其中大腸桿菌達到一定指標，會引起人體腹瀉。致病菌包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌和乙型鏈球菌。沙門氏菌、志賀氏菌污染的水會引起急性腸道傳染病，出現腹瀉發熱等癥狀；金黃色葡萄球菌產生的腸毒素會引起人體中毒，出現急性胃腸道癥狀，甚至危及生命；乙型鏈球菌則是造成人體化膿性炎癥的主要病原菌；霉菌和酵母菌普遍分布于自然界，在食物中生長的霉菌在繁殖過程中吸取了食品的營養成分使食品的營養價值降低，并且散發異味，影響食品的感官，尤其是霉菌生長的過程中產生的毒素會引起人體慢性中毒，嚴重者會導致癌癥。

金屬元素指標在標準中規定了鉛、砷、銅的含量，鉛、砷要求不得超過0.1mg/L，其主要來源于受人類活動所影響的環境，包括土壤、河流的污染等等。鉛、砷為有毒有害元素，鉛可由呼吸道或消化道進入人體并蓄積在人體內，當血液中含鉛量為0.6～0.8mg/L時就會損害內臟，而砷的化合物會引起中毒，因此，它們的含量應該越小越好，而銅在標準中規定不得超過1.0mg/L，雖然銅不是有害元素，但也不是多多益善的物質，對于純凈水來說，更是衡量其純凈程度的標志之一。

有機物指標在國標中主要體現為三氯甲烷（氯仿）和四氯化碳含量的規定。由于桶裝純凈水的質量問題主要集中在微生物檢測超標上，為了解決這一問題，不少廠家不是從生產工藝、質量管理入手，而是僅僅通的量來試圖解決純凈水的微生物污染問題，常用的消毒劑多為含氯消毒劑如二氧化氯等。桶裝純凈水由于加氯消毒可產生一些新的有機鹵代物，主要成分是三氯甲烷（氯仿）和四氯化碳及少量的一氯甲烷、一溴二氯甲烷、二溴一氯甲烷以及溴仿等，統稱為鹵代烷。經檢測，經過加氯消毒的飲用水、自來水中鹵代烷含量一般水源水。其中以三氯甲烷和四氯化碳含量較高，對人體存在一定危害，如果長期飲用氯仿和四氯化碳超標的純凈水，嚴重時會導致肝中毒甚至癌變。為了保護消費者的身體健康，在國標GB17324－1998中明確規定：飲用純凈水中三氯甲烷和四氯化碳的含量分別不得超過0.02mg/L、0.001mg/L。

純凈水的工藝嚴苛，特別是反滲透技術是當今、節能有效的膜分離技術。初用于海水淡化，其孔徑非常微小，僅為10-10，它能分離溶液中離子范圍和分子量幾百的有機物，去除水中的溶解的鹽類、膠體、微生物、有機物等，從而獲得純凈的、安全的水。

從學術角度講，純水又名高純水，是指化學純度的水，其主要應用在生物、化學化工、冶金、宇航、電力等領域，但其對水質純度要求相當高，所以一般應用普遍的還是電子工業。例如電力系統所用的純水，要求各雜質含量低達到“微克/升”級。

在純水的制作中，水質標準所規定的各項指標應該根據電子（微電子）元器件（或材料）的生產工藝而定（如普遍認為造成電路性能破壞的顆粒物質的尺寸為其線寬的1/5-1/10），但由于微電子技術的復雜性和影響產品質量的因素繁多，至今尚無一份由工藝試驗得到的適用于某種電路生產的完整的水質標準。電子級水標準也在不斷地修訂，而且高純水分析領域的許多突破和發展，新的儀器和新分析方法的不斷應用都為制水工藝的發展創造了條件。