理化指標中較重要的是電導率和高錳酸鉀消耗量。電導率是純凈水的特征性指標，反映的是純凈水的純凈程度以及生產工藝的控制好壞。由于生活飲用水不經過去離子純化的過程，因此是不考察此項指標的。而對于純凈水來說“純凈”是其基本的要求，金屬元素和微生物過高，都會導致電導率偏高。所以，電導率越小的水越純凈。

高錳酸鉀消耗量是指1L水中還原性物質在一定條件下被高錳酸鉀氧化時所消耗的氧毫克數，它考察的主要是水中有機物尤其是氯化物的含量。GB17323－1998《瓶裝飲用純凈水》中規定，飲用純凈水中高錳酸鉀消耗量（以O2計）不得超過1.0mg/L。如果高錳酸鉀消耗量偏高，有可能水中有微生物超標，也可能是一些廠家為防止微生物超標而增加消毒劑ClO2的量，從而產生一些新的有機鹵代物，在這種情況下，一般游離氯也會超標。

微生物指標在國標中規定了菌落總數、大腸菌群、致病菌和霉菌、酵母菌4項。從近幾年對純凈水檢測的情況看，微生物指標是比較容易超標的指標之一。這是由于微生物污染體現在純凈水在生產加工、運輸和銷售過程等各個環節上。在生產加工中，工人不注意個人衛生，回收瓶的清洗、消毒不嚴格，甚至一些廠家為降低成本，回收瓶蓋再次使用，由于回收瓶蓋的變形，造成瓶口不密封都有可能引起微生物污染。微生物的超標反映出水的污染程度。其中大腸桿菌達到一定指標，會引起人體腹瀉。致病菌包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌和乙型鏈球菌。沙門氏菌、志賀氏菌污染的水會引起急性腸道傳染病，出現腹瀉發熱等癥狀；金黃色葡萄球菌產生的腸毒素會引起人體中毒，出現急性胃腸道癥狀，甚至危及生命；乙型鏈球菌則是造成人體化膿性炎癥的主要病原菌；霉菌和酵母菌普遍分布于自然界，在食物中生長的霉菌在繁殖過程中吸取了食品的營養成分使食品的營養價值降低，并且散發異味，影響食品的感官，尤其是霉菌生長的過程中產生的毒素會引起人體慢性中毒，嚴重者會導致癌癥。

金屬元素指標在標準中規定了鉛、砷、銅的含量，鉛、砷要求不得超過0.1mg/L，其主要來源于受人類活動所影響的環境，包括土壤、河流的污染等等。鉛、砷為有毒有害元素，鉛可由呼吸道或消化道進入人體并蓄積在人體內，當血液中含鉛量為0.6～0.8mg/L時就會損害內臟，而砷的化合物會引起中毒，因此，它們的含量應該越小越好，而銅在標準中規定不得超過1.0mg/L，雖然銅不是有害元素，但也不是多多益善的物質，對于純凈水來說，更是衡量其純凈程度的標志之一。

高純水的水質標準中所規定的各項指標的主要依據有：1.微電子工藝對水質的要求；2.制水工藝的水平；3.檢測技術的現狀。

高純水不能作為飲用水的原因主要是，天然水中溶解的氣體主要有O2、CO2、SO2和少量的CH4、氡氣、氯氣等，在高純水的生產過程中，還必需去除這類的氣體。為了有效的去除雜質，在生產高純水的過程中，加入了一些化學殺菌劑，如甲醛、雙氧水、次氯酸鈉等。