微生物指標在國標中規(guī)定了菌落總數(shù)、大腸菌群、致病菌和霉菌、酵母菌4項。從近幾年對純凈水檢測的情況看，微生物指標是比較容易超標的指標之一。這是由于微生物污染體現(xiàn)在純凈水在生產(chǎn)加工、運輸和銷售過程等各個環(huán)節(jié)上。在生產(chǎn)加工中，工人不注意個人衛(wèi)生，回收瓶的清洗、消毒不嚴格，甚至一些廠家為降低成本，回收瓶蓋再次使用，由于回收瓶蓋的變形，造成瓶口不密封都有可能引起微生物污染。微生物的超標反映出水的污染程度。其中大腸桿菌達到一定指標，會引起人體腹瀉。致病菌包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌和乙型鏈球菌。沙門氏菌、志賀氏菌污染的水會引起急性腸道傳染病，出現(xiàn)腹瀉發(fā)熱等癥狀；金黃色葡萄球菌產(chǎn)生的腸毒素會引起人體中毒，出現(xiàn)急性胃腸道癥狀，甚至危及生命；乙型鏈球菌則是造成人體化膿性炎癥的主要病原菌；霉菌和酵母菌普遍分布于自然界，在食物中生長的霉菌在繁殖過程中吸取了食品的營養(yǎng)成分使食品的營養(yǎng)價值降低，并且散發(fā)異味，影響食品的感官，尤其是霉菌生長的過程中產(chǎn)生的毒素會引起人體慢性中毒，嚴重者會導(dǎo)致癌癥。

有機物指標在國標中主要體現(xiàn)為三氯甲烷（氯仿）和四氯化碳含量的規(guī)定。由于桶裝純凈水的質(zhì)量問題主要集中在微生物檢測超標上，為了解決這一問題，不少廠家不是從生產(chǎn)工藝、質(zhì)量管理入手，而是僅僅通的量來試圖解決純凈水的微生物污染問題，常用的消毒劑多為含氯消毒劑如二氧化氯等。桶裝純凈水由于加氯消毒可產(chǎn)生一些新的有機鹵代物，主要成分是三氯甲烷（氯仿）和四氯化碳及少量的一氯甲烷、一溴二氯甲烷、二溴一氯甲烷以及溴仿等，統(tǒng)稱為鹵代烷。經(jīng)檢測，經(jīng)過加氯消毒的飲用水、自來水中鹵代烷含量一般水源水。其中以三氯甲烷和四氯化碳含量較高，對人體存在一定危害，如果長期飲用氯仿和四氯化碳超標的純凈水，嚴重時會導(dǎo)致肝中毒甚至癌變。為了保護消費者的身體健康，在國標GB17324－1998中明確規(guī)定：飲用純凈水中三氯甲烷和四氯化碳的含量分別不得超過0.02mg/L、0.001mg/L。

高純水不能作為飲用水的原因主要是，天然水中溶解的氣體主要有O2、CO2、SO2和少量的CH4、氡氣、氯氣等，在高純水的生產(chǎn)過程中，還必需去除這類的氣體。為了有效的去除雜質(zhì)，在生產(chǎn)高純水的過程中，加入了一些化學殺菌劑，如甲醛、雙氧水、次氯酸鈉等。