理化指標中較重要的是電導率和高錳酸鉀消耗量。電導率是純凈水的特征性指標，反映的是純凈水的純凈程度以及生產工藝的控制好壞。由于生活飲用水不經過去離子純化的過程，因此是不考察此項指標的。而對于純凈水來說“純凈”是其基本的要求，金屬元素和微生物過高，都會導致電導率偏高。所以，電導率越小的水越純凈。

微生物指標在國標中規定了菌落總數、大腸菌群、致病菌和霉菌、酵母菌4項。從近幾年對純凈水檢測的情況看，微生物指標是比較容易超標的指標之一。這是由于微生物污染體現在純凈水在生產加工、運輸和銷售過程等各個環節上。在生產加工中，工人不注意個人衛生，回收瓶的清洗、消毒不嚴格，甚至一些廠家為降低成本，回收瓶蓋再次使用，由于回收瓶蓋的變形，造成瓶口不密封都有可能引起微生物污染。微生物的超標反映出水的污染程度。其中大腸桿菌達到一定指標，會引起人體腹瀉。致病菌包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌和乙型鏈球菌。沙門氏菌、志賀氏菌污染的水會引起急性腸道傳染病，出現腹瀉發熱等癥狀；金黃色葡萄球菌產生的腸毒素會引起人體中毒，出現急性胃腸道癥狀，甚至危及生命；乙型鏈球菌則是造成人體化膿性炎癥的主要病原菌；霉菌和酵母菌普遍分布于自然界，在食物中生長的霉菌在繁殖過程中吸取了食品的營養成分使食品的營養價值降低，并且散發異味，影響食品的感官，尤其是霉菌生長的過程中產生的毒素會引起人體慢性中毒，嚴重者會導致癌癥。

在純水的制作中，水質標準所規定的各項指標應該根據電子（微電子）元器件（或材料）的生產工藝而定（如普遍認為造成電路性能破壞的顆粒物質的尺寸為其線寬的1/5-1/10），但由于微電子技術的復雜性和影響產品質量的因素繁多，至今尚無一份由工藝試驗得到的適用于某種電路生產的完整的水質標準。電子級水標準也在不斷地修訂，而且高純水分析領域的許多突破和發展，新的儀器和新分析方法的不斷應用都為制水工藝的發展創造了條件。

在高純水的國家標準為：GB1146.1-89至GB1146.11-89[168]，目前我國高純水的標準將電子級水分為五個級別：Ⅰ級、Ⅱ級、Ⅲ級、Ⅳ級和Ⅴ級，該標準是參照ASTM電子級標準而制定的。

高純水的水質標準中所規定的各項指標的主要依據有：1.微電子工藝對水質的要求；2.制水工藝的水平；3.檢測技術的現狀。

高純水不能作為飲用水的原因主要是，天然水中溶解的氣體主要有O2、CO2、SO2和少量的CH4、氡氣、氯氣等，在高純水的生產過程中，還必需去除這類的氣體。為了有效的去除雜質，在生產高純水的過程中，加入了一些化學殺菌劑，如甲醛、雙氧水、次氯酸鈉等。