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原料藥根據它的來源分為化學合成藥和天然化學藥兩大類。
1、化學合成藥又可分為無機合成藥和有機合成藥：無機合成藥為無機化合物(極個別為元素)，如用于治療胃及十二指腸潰瘍的氫氧化鋁、三硅酸鎂等；有機合成藥主要是由基本有機化工原料，經一系列有機化學反應而制得的藥物（如阿司匹林、氯霉素等）；
2、天然化學藥按其來源，也可分為生物化學藥與植物化學藥兩大類。抗生素一般系由微生物發酵制得，屬于生物化學范疇。近年出現的多種半合成抗生素，則是生物合成和化學合成相結合的產品。原料藥中，有機合成藥的品種、產量及產值所占比例大，是化學制藥工業的主要支柱。原料藥質量好壞決定制劑質量的好壞，因此其質量標準要求很嚴，對于其廣泛應用的原料藥都制訂了嚴格的國家藥典標準和質量控制方法；
原料藥的生產過程復雜：原料藥的生產過程中包含了復雜的生物、物理及化學反應過程，為此原料藥生產中往往需要進行多個單元操作，包括后續的蒸餾、萃取、提純等，技術以及設備設施等都非常復雜。如化藥一般由化學結構比較簡單的化工原料經過一系列化學合成和物理處理過程制得，或由已知具有一定基本結構的天然產物經化學結構改造和物理處理過程制得，一般要經過較多的合成步驟。綠色化學技術的串聯反應可以仿照生物體內的多步連鎖反應，是的反應在同一反應器中從原料到產物的多個連續步驟得以有效開展，免去了中間體的分離步驟，也不會產生廢棄物。
原料藥生產過程具有高污染性：原料藥的生產合成中，隨著各種副反應的進行，存在一定量的廢水、廢氣的排放，由此產生的污染物不但會影響土壤、水體、生態環境的質量，同時產生的毒性也會對空氣和操作工造成一定的危害。同時原料藥車間在生產的過程中要引入多種藥，這些原料藥的性質不同，所以在生產過后會產生許多不同性質的污染物。面對多種原料藥物互相之間發生反應，一定要在原料藥車間生產的過程中控制物料的交叉污染。
