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臭氧殺菌機理以氧化作用破壞微生物膜的結構實現殺菌作用。臭氧作用于細胞膜，使膜構成成份受損傷而導致新陳代謝障礙，臭氧繼續滲透穿透膜而破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。而臭氧滅活病毒則認為氧化作用直接破壞其核糖核酸RNA或脫氧核糖核酸DNA物質而完成的。
臭氧能氧化分解細菌、病毒內部氧化葡萄糖所的葡萄糖氧化酶，并直接與細菌、病毒發生作用，氧化并穿透其細胞壁，破壞其細胞器和核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，使細菌、病毒的新陳代謝和繁殖過程遭到破壞，而奪取細菌病毒的生命。同時還可以滲透細胞膜組織、侵入細胞膜內作用于外膜脂蛋白和內部的脂多糖，使細胞發生通透性畸變，導致細胞溶解性死亡，并將死亡菌體內的遺傳基因、寄生菌種、寄生病毒粒子、噬菌體、支原體及熱源（內毒素）等溶解死亡。綜觀無菌技術對微生物作用的原理可分為型、殺菌和溶菌型三種。臭氧滅菌消毒屬于溶菌型劑體，可以達到“、地消滅物體內部所有微生物的目的”，不僅這樣而且它的作用是瞬間完成的。
因下水道不能一直保持關閉，里面的穢氣就會隨著地漏口進入衛生間，雖然 我們都會將衛生間清潔的很好，有時還會有一些難聞的味道，這就是細菌在作怪。它們可以把下水道中的菜葉、飯渣分解，從而產生穢氣，其中包含硫化氫，有臭雞蛋氣味，甲醛等。這時候，我們就可以準備一盆自來水，將臭氧機的導氣管通入自來水中，制成臭氧水，倒進下水道中。因臭氧水有很強的殺菌消毒的作用，這些細菌就思密達了。
長時間使用，也會很難聞，及時用肥皂，洗衣液清洗，但是曬干之后，發現 味道還有，這就很討厭了。那是因為毛巾上面滋生了細菌，分解毛巾上面的附著物，產生的怪味。同樣，我們可以講毛巾和浴巾放在臭氧水中浸泡20分鐘左右，就可以煙消云散了。
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