由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發)的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

由于數據傳輸路徑不通暢或數據冗余等原因，會造成系統數據傳輸速度慢，甚至無法傳輸的現象，因此要考慮自動化立體倉庫內部以及與第三方物流企業上下級管理系統間的信息傳遞的問題。

隨著國家經濟的持續向好和對自動化立體倉庫需求較高的煙草、醫藥、機械等行業的持續快速增長，未來自動化立體倉庫面臨著較大的市場需求。以醫藥行業為例，據國家統計局數據顯示，截至2012年，中國工業總產值在2000萬以上的企業數量為6075家，以10%的需求量計算，醫藥行業對自動化立體倉庫的需求量就有607套，而保有量不足200套，市場前景可觀。

堆垛機
堆垛機是整個自動化立體倉庫的核心設備，通過手動操作、半自動操作或全自動操作實現把貨物從一處搬運到另一處。它由機架（上橫梁、下橫梁、立柱）、水平行走機構、提升機構、載貨臺、貨叉及電氣控制系統構成。
①堆垛機形式的確定：堆垛機形式多種多樣，包括單軌巷道式堆垛機、雙軌巷道式堆垛機、轉巷道式堆株機、單立柱堆垛機、雙立柱堆垛機等等。
②堆垛機速度的確定：根據倉庫的流量要求，計算出堆垛機的水平速度、提升速度及貨叉速度。
③其它參數及配置：據倉庫現場情況及用戶的要求選定堆垛機的定位方式、通訊方式等。堆垛機的配置可高可低，視具體情況而定。

輸送系統
根據物流圖，合理選擇輸送機的類型，包括：輥道輸送機、鏈條輸送機、皮帶輸送機、升降移載機、提升機等。同時，還要根據倉庫的瞬時流量合理確定輸送系統的速度。
其它設備
根據倉庫的工藝流程及用戶的一些特殊要求，可適當增加一些輔助設備，包括：手持終端、叉車、平衡吊等。
五、初步設計控制系統及倉庫管理系統（WMS）的各功能模塊
根據倉庫的工藝流程及用戶的要求，合理設計控制系統及倉庫管理系統（WMS）?？刂葡到y及倉庫管理系統一般采用模塊化設計，便于升級和維護。
自動化管理提高了倉庫的管理水平。自動化立體倉庫采用計算機對貨品信息進行準確無誤的信息管理，減少了在存儲貨物中可能會出現的差錯，提高了工作效率。同時，立體自動化倉庫在入庫出庫的貨品運送中實現機動化，搬運工作安全可靠，減少了貨品的破損率，還能通過特殊設計使一些對環境有特殊要求的貨品能有很好的保存環境，比如有毒、易爆的貨品，也減少了人在搬運貨品時可能會受到的傷害。