污水經格柵進入調節池后經提升泵進入生物反應器，通過PLC控制器開啟曝氣機充氧，生物反應器出水經循環泵進入膜分離處理單元，濃水返回調節池，膜分離的水經過快速混合法氯化消毒（次氯酸鈉、漂白粉、氯片）后，進入中水貯水池。反沖洗泵利用清洗池中處理水對膜處理設備進行反沖洗，反沖污水返回調節池。通過生物反應器內的水位控制提升泵的啟閉。膜單元的過濾操作與反沖洗操作可自動或手動控制。當膜單元需要化學清洗操作時，關閉進水閥和污水循環閥，打開藥洗閥和藥劑循環閥，啟動藥液循環泵，進行化學清洗操作。

一種具有代表性的SBR工藝流程是： 通過格柵預處理的廢水，進入集水井，由潛污泵提升進入SBR反應池，采用水流曝氣機充氧，處理后的水由排水管排出，剩余污泥靜壓后，由SBR 池排入污泥井，污泥作為肥料。
分批式操作： 時間分割的操作方式替代空間分割的操作方式，如SBR運行周期由進水時間、反應時間、沉淀時間、潷水時間、排泥時間和閑置時間，可以適當靈活調節。

醫院污水處理系統除了包括含菌污水的處理和消毒外，對其他各種特除排水根據需要還應單處理，如含有重金屬的廢水，放射性廢水、含油廢水和洗印廢水等。重金屬廢水來自牙科治療和化驗室，含有汞，鉻等有害污染物，可用化學沉淀法或離子交換法處理。放射性廢水來自同位素治療和診斷。低濃度放射性廢水采用衰變池處理，或用化學共沉淀法、離子交換法處理。含油廢水來自廚房食堂，一般采用隔油池處理。洗印廢水來自照片洗印，含有銀、顯影劑、定影劑等有害物質、含銀廢水可采用電解法回收銀，顯影劑可用化學氧化法處理。
醫院污水處理流程選擇是醫院污水處理設計的關鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。根據醫院污水排出口的標高和所接入的城市下水道的標高之差，確定是采用自排式還是提升式的消毒工藝。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工藝，高差較小時可采用超聲波自動定比投氯消毒工藝或提升式定比投氯消毒工藝。
醫院廢水處理設備采用國際的生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優點。地面之上可種花種草，不影響周圍環境。
新標準對醫院產生的污水、廢氣和污泥進行了全面控制，在強調對含病原體污水的消毒效果的同時，兼顧生態環境安全。在生物指標上，新標準對排入下水道與排入水體的醫院污水提出不同要求。新標準嚴格區分醫院性質，同時根據污水去向分為兩個等級，并在原有標準基礎上提出嚴格的控制各級指標。新標準考慮了消毒效果和生態安全性問題，針對不同性質醫院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規定，嚴格了余氯標準的上限。在理化指標方面，對排入地表水體的醫院污水和傳染病醫院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。