該反應相對簡單，但由于產物中一氧化碳含量較高，而一氧化碳會對后續的氫氣應用，如燃料電池的使用產生不利影響，因此通常需要對產物進行進一步的處理，如通過一氧化碳變換反應將一氧化碳轉化為二氧化碳和氫氣，以提高氫氣的純度和質量 。
而甲醇制氫過程中產生的二氧化碳相對純凈，更易于捕集和利用。如果采用可再生能源合成的甲醇作為原料，如利用太陽能、風能電解水制氫，再將氫氣與二氧化碳合成甲醇，那么整個甲醇制氫過程可以實現近乎零碳排放，對環境的友好性顯著提高。
此外，甲醇制氫過程中會產生一定量的二氧化碳排放，雖然相較于傳統的化石燃料制氫方法，其二氧化碳排放量相對較低，但在全球對碳排放要求日益嚴格的背景下，如何進一步降低甲醇制氫過程中的碳排放，實現低碳甚至零碳制氫，也是該技術面臨的重要挑戰之一 。
