進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產生了直接影響。生產工藝不成熟。現有成熟工藝存在著燃料穩定性不夠或潤滑性差等缺點。

例如，為了監督廢油的去向，促進廢油的回收和利用，英國已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購買。如果生物燃料要完全取代石油產品，不僅需要解決成本問題，還需要建立一個完整的生物燃料供應鏈。

2012年航空公司的累計碳排放量不得超過基線的97%，2013年不得超過基線的95%。在排放制度實施初期，航空公司可以免費獲得一定比例的免費排放配額，但免費配額逐年減少，非免費配額需要通過有償拍賣獲得。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質能，積累大量脂類，并能生產生物燃料。某些產油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。

為什么微囊藻有如此高的脂比？答案在于其特的碳封存能力。光合作用是自然界生物固碳的基礎。地球上每分鐘大約有300萬噸二氧化碳和110萬噸水可以通過光合作用轉化為200萬噸有機物，同時可以釋放210萬噸氧氣。

然而，目前微藻生物柴油的生產成本仍然很高，這是制約其商業化生產的瓶頸。除了繼續開發具有優良產油性能的藻類外，還實現微藻生產的綜合利用。例如，從微藻中獲得高附加值產品，如DHA、類胡蘿卜素和活性多糖，并將廢棄海藻殘渣用作水產養殖的誘餌。