定期對干燥設備進行維護保養，檢查設備的加熱系統、通風系統、制冷系統等是否正常運行，確保設備處于良好的工作狀態，以干燥效果和產品質量的穩定性。

溫度過高會導致卵磷脂氧化、變性，影響產品質量，如使卵磷脂的活性成分喪失，降低其營養價值。一般來說，噴霧干燥的進風溫度通常控制在 150 - 200℃，出風溫度在 80 - 90℃；冷凍干燥時，預凍溫度需達到 - 40℃至 - 20℃，升華干燥階段溫度控制在 - 20℃至 20℃左右，解析干燥階段溫度可適當提高至 30 - 40℃。

脫臭：采用減壓蒸餾的方法，在高溫、高真空條件下，將卵磷脂中的異味物質去除，得到氣味的精煉卵磷脂。

脫色：將經過脫膠、脫酸處理的卵磷脂通過活性炭或活性白土等吸附劑進行脫色處理，去除其中的色素和其他雜質，使卵磷脂的顏色變淺，提高產品的外觀質量。
脫酸：采用堿煉法，向粗卵磷脂中加入適量的氫氧化鈉溶液，中和其中的游離脂肪酸，生成皂腳，再通過分離設備將皂腳去除，降低卵磷脂的酸值。
萃取：采用有機溶劑萃取法，常用的溶劑有正己烷等。將破碎后的大豆顆粒與溶劑混合，在一定溫度和時間條件下，使卵磷脂等油脂成分溶解在溶劑中，形成混合油。