生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受喜歡。

有機廢棄物，包含人畜糞便、餐余垃圾、污水處理廠的副產品污泥、瓜果蔬菜市場廢棄的爛瓜果爛菜葉等等，其年產量是同期工業固體廢棄物產量的10倍，量大且集中，如不及時處理將帶來嚴重的環境污染。對有機廢棄物進行堆肥化處理(好氧發酵)可以實現廢物的資源化利用，因此獲得了廣泛的應用，人們嘗試著開發了眾多的好氧發酵反應器，試圖提高好氧發酵的效率，降低發酵設備的制造成本和運行成本。

農業有機廢棄物包括農業生產產生的各類農作物秸稈，以及畜禽養殖產生的畜禽糞便等，處理難度較大，是環境治理的難題。將農業有機廢棄物畜禽糞便、秸桿等作為可利用的資源進行好氧發酵 ，不僅可以解決農業生產廢物對環境的污染問題，同時生產出來的有機肥可以帶來收益，實現了廢棄物的無害化、減量化、資源化，符合我國對環境保護和資源可持續利用的政策方針。

目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環境，盡量保存在陰涼干燥處。此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發生不良反應。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能